脑炎后遗症一般会在6个月时显现，但不一定所有脑炎患者都会有后遗症。轻症脑炎一般不遗留后遗症，脑炎后遗症多发生在重症脑炎患者，此类患者神经影像学如头部磁共振等检查可见结构性异常，如脑软化、胶质增生等。

常见的脑炎后遗症包括语言障碍、意识障碍、认知障碍、运动障碍、吞咽障碍、视听功能障碍、症状性癫痫及精神行为异常等。脑炎患者恢复期一般为1-3个月，前6个月都属于恢复期，恢复期积极治疗可减少后遗症的发生，因此临床工作中需要注意早期识别、早期处理、早期康复训练。