环磷酰胺作为免疫抑制剂当中的一种烷化剂，其具有严重的副作用。其副作用在每个人身上的表现可能有差异，严重程度也可能有所差异，具体如下：

1、胃肠道反应：例如恶心、呕吐、消化不良、胃肠道不适，是最常见的副作用。环磷酰胺有些人特别敏感，应用以后容易出现食欲不振的情况，持续好几天；

2、性腺抑制：可造成精子、卵子、性腺激素水平异常，所以育龄期的男性或者女性，在治疗肾病时，应用环磷酰胺要注意此副作用，尽量避免；

3、骨髓抑制：如抑制血小板生成、抑制白细胞生成，所以应用环磷酰胺后7-10天要复查血象；

4、肝功能异常：环磷酰胺进入机体后，经过肝脏代谢，有可能造成肝脏功能异常，例如转氨酶升高、胆红素增加等。运用药物1周以后，也可以检查肝功能的情况；

5、脱发：此类脱发是暂时性的，停用环磷酰胺后，就会逐渐变为正常；

6、膀胱损害：环磷酰胺摄入机体以后，需代谢成异环磷酰胺，异环磷酰胺对于膀胱黏膜可能造成刺激，从而出现血尿的情况，严重的患者可能会出现膀胱肿瘤病变。