尿道尖锐湿疣通常长在尿道口，需将尿道口轻轻拨开，再用冷冻、二氧化碳激光或光动力的方法治疗。物理治疗后经过一定时间再复诊，需要反复就诊，直到彻底治愈，所以遵医嘱较重要，因为医生会告诉患者复诊的时间。

通常物理治疗配合药物治疗效果较好，即物理治疗结束后再配合干扰素凝胶、口服免疫调节剂或肌肉注射免疫调节剂治疗，花费时间较短但可达到患者满意的程度。如果仅进行物理治疗，不使用药物配合，治疗周期会较长，且部分患者免疫力较低，可导致疾病反复不愈，治疗时间可长达几年。所以需向患者解释清楚，可配合口服免疫调节剂、外用抗病毒药物治疗。