对于儿童和青壮年，非典型性肺炎的治疗首选药物是大环内酯类药物，大环内酯类的药物包括阿奇霉素、红霉素、罗红霉素。非典型性肺炎病程比较长，大概是2周，甚至可以迁延到3周，所以服药时间较长。指南上推荐阿奇霉素相关的治疗方案是服3停4，服3天，停4天，连服3周的方案应用于儿童。
2015年社区获得性肺炎南中指出，经过流行病学调查，非典型性肺炎比如支原体感染，大环内酯类的药物耐药率增高。支原体感染的肺炎，成年人选择喹诺酮类药物，比如沙星类，左氧氟沙星、莫西沙星药物治疗，或用四环素类的药物，比如是米诺环素、多西环素治疗。这两个药物均不适用于儿童，四环素类的药物导致儿童牙齿发育异常和骨骼发育异常，喹诺酮类药物引起儿童骨骼和肌肉发育异常。综上所述，经正规医院，在医师指导下服用相关的药物，不要随便吃药。
