大多数的脑脓肿不能自行吸收，细菌达到一定的严重程度才会发生脑脓肿，如果不进行对症处理、支持，较难靠人体自身的免疫功能将细菌全部杀灭。

较轻的脑脓肿患者可以进行规范的抗生素治疗，以及营养支持等疗法，可能协助脑脓肿自行吸收，但也是通过外在因素促进脑脓肿吸收。如果脑脓肿较严重，经过规范的抗生素治疗后，也可以通过手术、脓肿引流、脓肿切除等治疗，患者也可以达到较好的预后。