甲状腺癌的治疗原则是以外科手术切除为主，碘-131治疗也可以使病情得到控制，并改善患者的生活质量。甲状腺癌的手术治疗包括甲状腺本身的手术以及颈淋巴结清扫，甲状腺的切除范围目前仍有分歧，范围最小的是腺叶加峡部切除，最大的行甲状腺全切除，术后口服甲状腺素片维持。
另外，对乳头状甲状腺癌、滤泡状甲状腺癌术后，应用碘-131进行治疗，适合45岁以上的患者、多发癌灶、局部侵润性肿瘤，即存在远处转移者。药物治疗是甲状腺癌做次全或全切术后，终身服用甲状腺素片，以预防甲状腺素功能减退，并抑制TSH。乳头状癌或滤泡状癌均有TSH受体，整体预后较佳、致死率较低，平均生存时间较长。