子宫内膜异位的并发症主要与子宫内膜异位器官以及病灶分布情况有关，最常见的是卵巢子宫内膜异位症，也就是卵巢巧克力囊肿。如果子宫病灶侵蚀子宫肌层，患者可能会出现子宫腺肌症。

对于比较常见的盆腔子宫内膜异位症，患者可能存在一些症状，但是影像学检查可能无法发现。盆腔子宫内膜异位症通常比较散在，常见分布部位在盆底较低的部位，直肠阴道反折以及前面宫颈和膀胱反折低凹部位比较容易附着。出现子宫内膜异位灶散在，即子宫内膜异位症的小结节，这类患者需要在手术中或者腹腔镜下进行准确的判断。