桥本氏甲状腺炎一般是由病人自身免疫异常所引起的疾病，该病其实是一个日本医生在上个世纪发现的甲状腺异常现象，然后以他的名字进行命名。而该病在临床上准确的诊断应为慢性淋巴细胞性甲状腺炎，只不过是方便起见，将其称为桥本氏甲状腺炎。

桥本氏甲状腺炎的本质是因机体免疫异常，导致淋巴细胞攻击自身正常的甲状腺组织，甲状腺滤泡细胞及滤泡细胞周围组织发生自身免疫性炎症，包括滤泡细胞的增生、水肿，此外还破坏甲状腺组织里面的血流组织及周围纤维组织等，进而产生一系列改变。此时甲状腺滤泡细胞可能会非正常释放过量激素，同时甲状腺组织和血液组织中的淋巴细胞会产生自身抗体，常见的自身抗体是抗甲状腺球蛋白抗体(TGAb)和抗甲状腺过氧化物酶抗体(TPOAb)。上述抗体一旦同时在血液里出现，便可将其测量出来，如果血液中测量的上述抗体均为阳性，即可诊断为慢性甲状腺炎。