灰指甲中的真菌需要用抗真菌药杀死，而且抗真菌药必须要达到甲板真菌存在的部位，才能杀死真菌。目前甲真菌病的治疗可以口服抗真菌药物，比如特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等，可以治愈80%以上的甲真菌病；也可以配合外涂具有渗透作用的抗真菌药膏或溶液，例如特比萘芬酊、阿莫罗芬搽剂等。

灰指甲的学名称为甲癣、甲真菌病，是由于皮肤癣菌感染指甲或甲下皮肤组织导致的真菌感染性皮肤病。甲真菌病通常发生在甲板和甲下的皮肤组织，由于甲板的角质层比较韧、硬，外用药物难渗入到甲板内，达到去除真菌的作用。因此甲真菌病的治疗，一直是皮肤科治疗的难题。近年由于唑类药物和丙烯胺类药物的问世，甲真菌病的治疗有很大的进展。手指甲完整更换大概要100天，脚趾甲大概要300天，两个指甲生长速度不同，口服抗真菌药需要达到真菌存在的甲板处，因此治疗时间要长。在药物治疗过程当中，要监测药物的不良反应。