巧克力囊肿的主要表现是痛经、盆腔的肿物、不孕。如果不进行治疗，痛经会越来越重，疼痛程度逐渐加重，甚至严重影响生活、学习、工作。子宫内膜异位症不进行治疗，不孕不育应该不会缓解，而且随着年龄的增大，卵巢功能越来越差，以后怀孕的概率越来越小。40岁以后有巧囊的病人，生育希望比较渺茫，由于痛经和性交痛，性生活也不会非常和谐。

巧克力囊肿如果不治疗，也存在一定的恶变概率，虽然概率很小，但也确实存在。尤其是绝经以后囊肿长大，疼痛节律有变化，要警惕恶变存在。为缓解疼痛、治疗不孕、防止恶变，治疗方法有药物保守治疗，还有手术治疗。药物有止疼药、控制月经的避孕药、高剂量孕激素，还有促性腺激素释放激素激动剂等都可以缓解症状。

如果症状持续的不缓解要手术进行治疗，手术方法有开腹、腹腔镜、巧克力囊肿剔除，剔除巧克力囊肿和周围病灶包括输卵管、子宫。切除子宫以后，巧克力囊肿再复发的概率大大减少。还可以辅助中医治疗，比如对于疼痛治疗中医有一定效果。其它治疗包括辅助生殖技术，即对于有生育要求的女性，做完手术以后一定要积极助孕，助孕可以促排卵，也可以人工授精，甚至试管婴儿。如果希望怀孕，术后一定要积极进行相关治疗。子宫内膜异位症早期发现，保守治疗能对发展有一定控制，所以应该积极治疗。