子宫右侧附件囊肿的治疗要取决于附件囊肿的原因，附件囊肿只是一个表现，目前导致形成附件囊肿的原因有以下几种：

1、附件炎症，如果是附件炎症导致附件囊肿，如果持续存在、反复发作，导致患者生活质量下降，可以考虑做囊肿局部切除；

2、如果不是炎症导致的附件囊肿，如是多囊卵巢综合征形成卵巢增大的表现，不算是真正意义上的囊肿，在手术治疗上，可以考虑做腹腔镜下的卵巢打孔；

3、如果是卵巢巧克力囊肿导致的附件区囊肿，可能需要进行卵巢巧克力囊肿的剥除手术；

4、卵巢的肿瘤，又分为良性肿瘤和恶性肿瘤。如果是良性的卵巢肿瘤，一般在手术方案选择上，进行良性卵巢肿瘤的剔除手术。如果是恶性的卵巢肿瘤，就要进行卵巢癌的分期手术；

5、生理性卵巢囊肿的问题，如果是生理性的卵巢囊肿，一般不需要特殊处理，定期3个月复查一次。一般生理性的囊肿，在3-6个月都会自然消失，不需要进行任何处理。