脑起搏器不能治疗小脑萎缩。小脑萎缩表现症状主要是患者行动功能障碍，比如走路不稳、容易摔倒，而脑起搏器目前在临床主要用于治疗帕金森病及一些精神类疾病。

在探索精神类疾病过程中，较成熟的是治疗帕金森病，有明确的临床试验效果。帕金森病患者亦表现为行走不稳，即运动功能障碍，但帕金森病的病变基础在大脑的腹后外侧核上，小脑萎缩会造成齿状核病变，两者病变在不同的生理解剖上，所以脑起搏器不能治疗小脑萎缩。