一旦患有脑静脉窦血栓，应明确诊断。患者应到专科医院进行脑静脉成像检查或DSA、MRV、CTV成像。静脉窦血栓轻症患者容易发生自溶，自溶以后即可自愈。

而对于严重患者，试图消除血栓，需要抗凝治疗，主要选择应用肝素、低分子肝素等抗凝药物。若经过积极治疗后效果欠佳，还可使用介入方法将微导管送入静脉窦，给予溶栓药或直接取栓。通过这些办法可使得静脉窦重新恢复通畅，患者的症状即可消失。