正常人的粪便中含有大量的细菌，粪便标本检验必须是从混有大量正常菌的菌群中选出病原菌，此时则需注意粪便的正确采集和运送，以提高检查的阳性率。
常规检测的病原菌，包括沙门菌、志贺菌、弯曲菌，对于滨海城市的实验室，还应检查气单胞菌和弧菌，对于血性粪便注意分离O157型的细菌。除以上细菌，通过大便培养可以分离到的病原菌，还有小肠结肠炎耶尔森氏菌、邻单胞菌、致病性大肠杆菌、迟缓爱德华菌、蜡样芽孢杆菌、艰难梭菌、葡萄球菌、产酸克雷伯杆菌等；真菌的培养，少量的真菌孢子存在于粪便内，但是真菌性腹泻多继发于抗生素治疗后的菌群失调，多为白色念珠菌。
细菌类型不同，选取的培养基也不同，如急性腹泻，接种于SS和麦康凯平板，35℃培养18-24小时；致病性的埃希菌，可以使用中国蓝平板35℃培养18-24小时；霍乱弧菌及副溶血弧菌，取1mL水样便接种于碱性蛋白胨水中，35℃培养4-6个小时后，取菌膜或者培养液接种于TCBS平板35℃条件培养24-48小时即可。