胆囊穿刺引流的副作用，主要包括穿刺部位出血、疼痛、感染，以及穿刺管脱落甚至折断等。另外穿刺引流可能并不能完全缓解症状，部分患者疾病可能进一步进展。穿刺引流主要用于急性胆囊炎，胆囊明显增大而存在胆囊坏死、穿孔风险时，老年患者无法耐受急诊手术，往往需选择胆囊穿刺引流。

穿刺引流是将感染的胆汁引出体外，从而给胆囊减压，有利于感染控制，胆囊增大引起的疼痛穿刺后可得到明显缓解。但穿刺属于有创操作，需在超声引导下完成，穿到血管时会引起出血。感染的胆汁通过引流管引出体外，如果引流管脱落，胆汁可能进入腹腔而引起弥漫性腹膜炎。对于胆囊壁已经坏死的患者，即使穿刺引流后，胆囊感染仍会进一步加重，症状没有明显缓解，但其不属于穿刺引流的副作用，而是病情过于严重导致。