核磁共振能够发现较大的肺实性结节，但小肺结节，尤其磨玻璃密度很淡的肺结节，磁共振根本没法发现。肺结节检查首选为CT检查，磁共振在肺结节诊断以及检出率方面不如CT。很多老百姓存在误区，可能觉得设备越贵检查效果越好，其实不然。在临床应用中每个设备均有适应性，磁共振对软组织分辨率好，比如在滑膜、血管、神经系统，以及肌肉、肌腱、韧带、透明软骨方面分辨率较高。
对疾病判定磁共振有很大优势，CT在观察骨头、肺、出血等病变，具有优势，两者检查可以优势互补。肺部磁共振只能作为CT成像的补充，使用肺部磁共振检查通常用来评估病变是否侵犯纵隔、是否侵犯心脏、胸壁。另外，也可以评估纵隔淋巴结情况，但肺结节在诊断上确实很少使用磁共振进行检查。
