质子治疗脊索瘤后会复发。任何肿瘤经过放疗后，都有可能存在复发。质子治疗在治疗上，与常规调强的放疗不同，质子治疗是利用物理学优势，即利用Bragg峰，因此复发率较常规调强有所下降。

此外，肿瘤复发还与很多因素有关，包括治疗方式、治疗手段，此外，也与肿瘤本身的生物学活性密切相关，若肿瘤的生物学活性高，则相对容易复发。同时，质子治疗的优势在于肿瘤局部剂量比较高，对正常组织损伤比较小，所以质子治疗脊索瘤，相比常规放疗、调强放疗，复发率有所下降。