胆管堵塞最重要的是疏通，使胆汁继续流出。疏通的主要因素取决于引起阻塞的原因，明确原因后才能够进一步决定如何疏通。导致胆管阻塞的原因可分为良性疾病以及恶性疾病，其处理方式完全不同。

良性疾病常见于胆管结石，或胆管狭窄等。结石嵌顿于胆总管下端，可引起胆道梗阻，无法排出胆汁，狭窄与结石导致胆管阻塞的道理相同。患者应进行消炎、解痉以及对症等治疗，结石松动后，胆汁可继续排出，从而缓解堵塞症状，然后应考虑进行择期手术治疗，包括结石的取出或狭窄的扩张，必要时可行狭窄段切除以及胆肠内引流术。但若是恶性肿瘤引起的胆管阻塞，应早期给予根治性的手术切除，以及区域淋巴结清扫以达到根治效果，从而延长生存时间，改善预后。对于中晚期无法行手术治疗的患者，应行姑息性穿刺引流，缓解胆道梗阻症状。肿瘤患者需进行相应的化疗、放疗、靶向以及免疫治疗，抑制肿瘤的生长与转移，从而延长患者生存时间。