通常情况下，含牙囊肿早期无明显症状，患者也不会疼，也没有什么不舒服，所以通常发现的时候都比较大。往往患者发现牙齿一直没有萌出，或发现脸部膨隆、变形才到医院检查，拍片可发现颌骨内较大的囊肿。

一般含牙囊肿发展到后期可有明显的颌骨破坏，导致患者一侧颌骨隆起，脸部不对称。严重的时候颌骨完全被破坏，就有可能会发生颌骨骨折，如咬硬东西的时候下颌骨折断。

部分含牙囊肿患者也可能伴发感染，进而导致局部肿痛，也有的人是因为这样的原因到医院就诊，大部分情况下需要手术治疗。