咳嗽时可以做胃镜，但需要根据咳嗽的程度不同选择不同类型的胃镜方式。做胃镜时，必须通过咽喉，将胃镜管插入至食管和胃部，若咳嗽较剧烈，会影响到做胃镜。做胃镜检查过程中，若患者忍不住剧烈咳嗽、恶心，会使胃镜无法进行，也会影响胃镜检查结果。

因此，最好能够选择麻醉胃镜，即无痛胃镜，在全麻下进行，全程患者没有知觉。麻醉师也会根据患者的具体情况，调整用药剂量，以便在麻醉过程中，患者可以顺利操作，不受咳嗽干扰。

但对于轻度咳嗽，也可行普通胃镜，如在行普通胃镜前，会含服一种局部麻醉剂，比如达克罗宁。此药对咽部有一定的麻醉作用，能够阻断各种神经冲动或刺激传导，抑制触觉和痛觉，有止痛、止痒及杀菌的作用。