肛门内的疼痛的治疗分方法与其发病原因有关：

1、肛门内的疼痛多数可能是肛裂，肛裂就是大便干燥，使肛管皮肤裂开，而肛管皮肤就在肛门内，所以疼痛是比较剧烈的，而且肛门神经特别丰富，所以痛苦也比较大。如果是肛裂引起来的疼痛，大家可以通过温盐水坐浴或者中药坐浴，再上一些生肌的药膏，裂口是可以长上的。但是千万要注意不要让它反复地裂，把大便一定要调整好，不能经常干燥，反复肛裂就不容易好，它就会引起括约肌的痉挛，这时候就需要通过手术来治疗。这个是肛裂引起来的肛内疼痛；

2、由于肛窦炎引起的肛内疼痛，这时候就需要进行消炎治疗，上一些消炎栓，口服一些消炎药等等，而且这种炎症不太好治，容易缠绵难愈，所以一定要重视，及早地控制住；

3、其它的肛内疼痛，包括肿瘤疼痛，更需要到医院，请专业的大夫来给你进行诊断和治疗，所以一定要重视肛内疼痛。