新生儿做CT会有部分影响，如有X线，核磁的X线比较小，所以能用核磁检查代替CT就尽可能用核磁检查，但是也不是所有的都可以代替。需要做CT的疾病，一般也比较严重，如果不做其影响会更大，CT检测的时间比较短，3-5分钟可能也比较方便，核磁需要的时间一般20分钟左右。

所以对于新生儿来说，尤其是对于危重的新生儿，做核磁检查可能有部分局限性，需要有医生在旁的监测，不然也会有生命危险。目前也有B超检查可以代替CT的检查，也可以做到床旁的检测，损伤性比较小，但是清晰度相对也比较差，也不能完全代替，B超检查只是作为一种观察的方式来检测。