中耳炎在诊断过程中最常见、最重要的鉴别诊断是中耳癌。二者临床上有一定相似性，有时都是外耳道流脓、分泌物，有时病程较长，鉴别点如下：
1、中耳炎病史可能更长，而中耳癌病史相对短一些；
2、查体上也有明显区别，中耳炎耳道有脓性分泌物、鼓膜穿孔、听力减退等症状，特别是传导性耳聋；而中耳癌是耳部疼痛，有时会剧烈疼痛，外耳道有血性分泌物，外耳道内有菜花样新生物，鼓膜出现穿孔，中耳腔内有新生物；
3、影像学检查两者鉴别也较明显，化脓性中耳炎在颞骨CT上有乳头腔、中耳腔的炎性改变，如充满软组织影；但少有骨质破坏，合并胆脂瘤时会有骨质破坏，骨质破坏是膨胀吸收型，周围有硬化带，盾板消失；中耳癌有虫蚀样骨质破坏，边界不清，病变范围随病程发展会逐渐增大，预后较差。
