胃肠道间质瘤患者如果正在接受靶向药物治疗，或者手术以后没有恢复时，都不建议接种新冠疫苗，或选择延缓接种，其他情况没有接种禁忌时，可以接种新冠疫苗。

胃肠道间质瘤患者属于免疫功能受损的人群，是感染新冠病毒后重症死亡的高风险人群。根据新冠病毒疫苗接种技术指南，只要是健康状况稳定、药物控制良好的慢性病人群，都不作为新冠疫苗接种的禁忌人群，都建议接种，因此胃肠道间质瘤患者这类免疫功能受损的人群，也可以接种新冠疫苗。

胃肠道间质瘤患者应由医生来判断，是否正处于胃肠道间质瘤的急性发作期，是否仍有免疫缺损，如果处于急性发作期，建议延缓接种。胃肠道间质瘤患者如果并不是处于急性发作期，可以考虑接种新冠疫苗，但疫苗的保护效果可能会有所折损，需要更多临床试验的数据和结果作为参考。

另外，由于胃肠道间质瘤患者使用抗肿瘤药物时也会影响疫苗的免疫效果，因此在接种新冠疫苗前，医生应该重视和患者的充分沟通，明确告知接种的风险。