肛瘘手术包括挂线疗法及肛瘘瘘管切除手术，目前多采用肛瘘挂线法治疗。肛瘘挂线疗法恢复时间约2周，挂线疗法原理即采用结扎线由瘘管进入，于皮肤部位做切口，结扎线可为收紧作用。结扎线具有弹性、可回缩，即边切割、边愈合。一般2周左右结扎线即可脱落，脱落后伤口即可愈合。

根据结扎线松紧度不同，部分患者愈合时间较长、部分较短，但基本于2周左右恢复。肛周肛瘘切除疗法，将瘘管切除后层层缝合，1周左右即可愈合。