十二指肠球部溃疡，在临床中经常与急性心梗、急性胰腺炎、急性胆囊炎、肾结石、阑尾炎等疾病进行鉴别、诊断。如果是急性心梗的表现，会伴有心前区疼痛、汗出，最容易鉴别的方法是做心电图，观察是否出现ST段弓背抬高，另外查心肌酶谱有助于对心梗的鉴别。胰腺的位置在胃壁后侧，疼痛的位置和球部溃疡的位置是一样的，急性胰腺炎对血尿淀粉酶、CT确诊都是很容易进行明确诊断的。
肾结石、输尿管结石，通过彩超、CT、尿路的尿常规都可以确诊。常见的胆囊炎、阑尾炎，虽然胆囊的位置在右侧肋弓下，阑尾在右下腹部，由于内脏神经系统分布相对稀疏，定位不敏感，胆囊炎、阑尾炎先期的症状很可能表现为上腹部剑突下疼痛，通过彩超、CT或者临床医生查体，都可以很好的进行鉴别诊断。
