功能性腹泻的病程，有的研究报道在短期内1周、2周、1个月即可痊愈，也有研究表明有些功能性腹泻患者半年甚至1年才能有治愈的过程，功能性腹泻是自限性的过程，预后都是良好的。临床中常见的功能性腹泻，如果是因为菌群失调、菌群紊乱而导致的，给予调节菌群的药物，尤其是用药合理规范、病人依从性也比较好，短期之内1周、2周、最多1个月，治愈的患者有很多。还有一部分功能性腹泻反复发作、迁延不愈的患者，主要是神经功能紊乱，结合心理测评结果进行干预，对功能性腹泻的指导意义非常大。功能性腹泻一方面进行药物治疗，另一方面要注意平常生活规律、作息起居要有按时定时的习惯。