胆汁和胰液最终流入十二指肠，一般十二指肠侧壁上有十二指肠乳头，为胆管和胰管共同开口于十二指肠壁上的位置。胆汁经由胆总管流入十二指肠，胰液则通过胰管流入十二指肠，胆管和胰管可以共同通过十二指肠乳头汇入十二指肠，也可分别汇入十二指肠，这时十二指肠壁存在两个不同开口。

胆汁主要用于乳化和消化脂肪，而胰液含有淀粉酶、脂肪酶、蛋白酶等，对食物的消化吸收具有重要意义。胆道系统疾病可能因胆道堵塞累及胰腺，引起胰液反流，出现胰管扩张或胰腺炎。胰腺肿瘤性疾病也可压迫胆道，引起胆汁反流，出现进行性加重的皮肤、巩膜黄染。所以胆道系统疾病和胰腺疾病往往互相影响，临床诊断时需进行鉴别诊断。