HPV九价疫苗可以预防9种HPV感染，主要是HPV16、HPV18、HPV31、HPV33、HPV45、HPV52、HPV58，均属于高危型HPV感染。另外还可以预防2种低危型HPV感染，即HPV6和HPV11。HPV四价疫苗可以预防4种，二价可以预防2种HPV感染，其中HPV16和18可以导致7成左右的宫颈癌发生。四价和二价疫苗可以预防HPV16和HPV18，所以四价和二价预防宫颈癌的效果相同。

HPV九价疫苗在四价的基础上增加其他高危型，其他高危型可能导致2-3成宫颈癌发生，所以HPV九价疫苗可以预防8-9成宫颈癌发生。还有特殊HPV类型不在疫苗预防范围内，通常认为四价疫苗比二价疫苗好，九价疫苗比四价疫苗好，并非完全如此，四价疫苗和二价疫苗，均是预防HPV16和HPV18，防癌效果相同，但是四价疫苗比二价疫苗多出预防某些性病的功能。

HPV疫苗设计时预防HPV16、HPV18具有交叉保护作用，因此四价疫苗、二价疫苗可以有7-8成预防效果，九价疫苗有9成左右预防效果。但是九价疫苗的接种年龄范围较窄，在16-26岁。宫颈癌疫苗效果，除与疫苗有关外，主要是与年龄有关，越年轻接种越好，上述3种疫苗效果均比较好。