部分婴儿的房间隔缺损可以自愈，因此发现婴儿患有房间隔缺损，家长不必过于紧张或焦虑。如果仅为单纯的房间隔缺损，并没有合并严重的心脏结构或功能异常，则建议定期随访和观察。个别婴儿的房间隔缺损，随着年龄增长可以逐渐愈合。
如果随着年龄增长，房间隔缺损始终存在，并且出现心脏负担过重的表现，比如心脏结构增大、心功能下降，或者在生长发育过程中，反复因房间隔缺损而导致肺血多，反复出现肺炎或支气管炎的表现。如果年龄大于1岁半或房间隔缺损在5mm以上，自愈的可能性较小，建议采用房间隔介入封堵手术。如果合并其它的心脏结构和功能异常，考虑联合心脏外科矫正手术，对房间隔缺损进行修补。
