如果尿道炎合并了前列腺炎，此时首选的治疗就是抗感染治疗，可以根据具体病原微生物检查结果，选择合理用药。通常对于尿道炎合并有前列腺炎，推荐的用药主要是能通过前列腺包膜的药物，常用的药物像喹诺酮类药，比如左氧氟沙星，往往作为一线药物使用。如果不能排除是支原体、衣原体这种特殊病原微生物的感染，需要加用大环内酯类或者四环素族的药物来联合治疗，同时要应用改善症状的药物。
这类患者可能存在排尿异常，比如尿频、尿急、尿痛的刺激症状，或者排尿费力的梗阻症状，可以应用α受体阻滞剂缓解症状，如坦索罗辛。如果有严重的尿频症状，可以应用M受体阻滞剂来减轻尿频，如托特罗定。如果有疼痛症状，可以联合应用非甾体类的消炎镇痛药，比如布洛芬。同时还可以应用植物制剂或者中医药制剂，因为这类制剂能起到非特异性的抗炎作用，治疗往往是多种药物的联合应用。
