卵巢巧克力囊肿治疗时间需要结合卵巢巧克力囊肿的大小，是单侧还是双侧，还有患者的年龄，患者是否存在生育要求等因素决定具体治疗方案。
如果卵巢巧克力囊肿直径＜4cm，患者又没有任何症状，也没有生育要求，可以暂时观察。如果卵巢巧克力囊肿直径＞4cm，建议进行卵巢巧克力囊肿的剔除手术，但如果有生育要求，又合并不孕症的情况下，不建议进行卵巢囊肿的剔除手术，可以在进行取卵之后再考虑进行卵巢囊肿的穿刺治疗。如果卵巢巧克力囊肿＞4cm，患者没有任何生育要求，在月经干净之后7-8天左右的时间，进行腹腔镜巧克力囊肿的剔除手术。
卵巢巧克力囊肿治疗方案相对比较复杂，不单单是手术治疗之后即可，因为复发率很高，往往是手术治疗或穿刺治疗之后，还需要配合药物治疗来预防复发。具体应用哪种药物预防复发，要看患者是否存在进一步的生育要求和她的年龄。如果是接近绝经期的年龄，可能预防复发的药物应用时间会比较短，预先应用一些孕三烯酮就可以。如果年龄还比较轻，在40岁左右，预防复发的药物可能会建议选用GnRH-a类的药物，建议应用3-6个月来预防巧克力囊肿的复发。