扁平疣通常患病时间越长，形成的角化越厚或更稳定。若发病时数量不多，时间较长、固定，通常可局部治疗，如冷冻、打激光即可。但是早期刚患病，比较活跃时，通常不进行局部治疗。这时易引起同形反应，做冷冻、激光会在其周边形成新皮疹。因此，患病初期，如其数量较多，通常用肌注干扰素效果较好。若得病时间较长，较稳定，这时局部冷冻、激光都可进行治疗。