怀孕早期有卵巢囊肿，可能是生理性黄体囊肿。由于怀孕时，胚胎需要黄体激素、孕激素支撑，孕激素来源于妊娠黄体，妊娠黄体可能较小，超声不表现为囊肿，也可能较大，超声表现为囊肿。妊娠黄体囊肿是生理性囊肿，胚胎发育到10周时，胎盘逐渐形成，胎盘形成后分泌孕激素，支撑胚胎继续发育，黄体功能逐渐萎缩。胎盘形成后，黄体囊肿慢慢萎缩，孕早期出现黄体囊肿，是生理性囊肿。
怀孕时也可能会出现病理性囊肿，或本身有囊肿情况下怀孕，此时需要辨别囊肿类别，是否需要手术，如果需要手术，建议妊娠稳定后，比如12-18周做囊肿手术，此时子宫不大，胚胎较稳定，手术空间足够。如果怀孕早期12周、10周之内的黄体囊肿，不需要处理。
