多发性胆结石、多发性胆管结石或者肝内胆管结石的严重程度需具体分析。如果处于初期，没有影响肝脏功能，位于肝内多发结石，通常通过腹腔镜下微创手术，如将胆管切开，将胆道镜伸入，将结石取净。如果遇到狭窄位置，可以适当采取扩张手段。通过这种方式处理，可最大限度的保留肝脏，对患者生命没有影响。手术后通常给予辅助利胆药物，减少结石再形成，从而可以避免结石发生，通常此类患者能够取得较好的预后。
对于比较严重肝内胆管多发结石的患者，如频繁发生肝内胆管炎或者有多处肝脏萎缩，这些情况下预后相对较差，因为本身反复炎症会导致胆管壁增生修复，增加手术难度。胆管壁反复损伤修复后，恶变风险也会相对增高。另外，若存在严重的肝脏硬化，患者会有生命危险，如患者进展到肝硬化之后，通常肝功能受损，会出现肝功能失代偿，甚至严重肝功能衰竭状态，这种情况只有进行肝移植方可治疗。
