会厌囊肿如果是非常小，另外如果能够找到病因，对症治疗有可能自愈。比如会厌囊肿和胃食管反流有关系，是由于胃酸刺激咽喉部的黏膜出现的囊肿，可以通过口服抑酸药，比如每天早上空腹口服奥美拉唑，连续四周再复查囊肿，有可能囊肿会缩小或者消失。

如果这个囊肿是和细菌感染或者病毒感染有关系，可以通过抗生素以及抗病毒的药物来控制咽喉部炎症的症状，也可以使囊肿缩小或者是消失。

如果在治疗的过程中，还要注意尽量不要吃辛辣刺激的食物，通过药物治疗以及通过在饮食上面控制，小的囊肿只要对症治疗，是有可能自愈的。