扁桃体结石本身是一种良性病变，通常不会发生癌变。扁桃体结石存在于在扁桃体隐窝里，扁桃体隐窝是扁桃体表面的上皮，向扁桃体实质之内陷入所形成的大小不一的盲袋。而在盲袋里部分患者张开嘴就能看到盲袋里有白色的物质，这些白色物质有时被挤压，或者患者在进食时，自己吐出来的情况下，会带有臭味，称为扁桃体结石。

扁桃体结石的成分包括无机的矿物盐、食物残渣，以及病毒和细菌的分解代谢产物，混合口咽部的分泌物，裹成一团，定植在扁桃体的隐窝内，而且矿物盐含量越多，团块样的物的硬度就越大，类似于小石头，所以称为扁桃体结石。患者出现扁桃体结石后如果没有出现症状，可以不用处理。平时只需要注意口腔卫生、饭后多漱口，而且平时少食用辛辣刺激的食物，以减少对扁桃体的刺激，可以减少扁桃体结石的发作。