乙肝五项是乙肝三系检测，乙肝三系反映病毒复制情况，其阴性、阳性，从机体的免疫应答情况来侧面反映病毒在体内是否存在。所以乙肝三系或者乙肝五系阴性，提示没有感染过乙肝。但是少数人群约5％-10％，在隐匿性乙肝感染时，乙肝三系也是阴性，所以这时要结合检测血中的乙肝DNA进一步排除乙肝感染。

少数患者处于窗口期，窗口期是抗体和抗原量相等，结合时不能检测到乙肝三系，过一周或者两周再检测时，就有阳性。所以窗口期患者有可能是乙肝三系阴性，特别是急性感染时，故乙肝三系阴性多数情况下提示患者没有感染乙肝。