气管肿瘤并发症最主要的是气道梗阻，气管内发生肿瘤后会把气道堵塞，早期因为肿瘤可能较小，症状不典型，主要表现为咳嗽、咳痰、气喘及少许痰中带血，因此容易被误诊为普通肺炎或哮喘。对于反复咳嗽、气喘不能缓解的病人，要考虑气管内肿瘤的可能性。如果气管内肿瘤逐渐生长，体积逐渐增大，增大到50%以上，患者会感到呼吸困难、胸闷、气急等症状。如果不及时治疗，随后有可能会发生严重并发症，即窒息，患者可能发生死亡。

如果气管为恶性肿瘤，随着病情进展会侵犯周围组织器官，如周围血管、神经、纵隔、肺部及淋巴结，因此会出现声音嘶哑、呼吸困难、吞咽困难、进水呛咳、食管气管瘘及颈部淋巴结肿大。还可以并发肺部感染，因为把气道堵塞后细菌会在肺部形成感染，使用抗生素效果不是很理想。