扁桃体化脓多为急性细菌性感染，扁桃体化脓最常见的细菌包括金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、厌氧菌等。针对此类细菌最敏感的抗生素，临床最常用的为青霉素类和头孢类抗生素，还可针对厌氧菌，用抗厌氧菌的药物。扁桃体化脓一般通过抗感染治疗、局部对症治疗，大部分可缓解。
如果扁桃体化脓特别严重，可引起扁桃体周围脓肿，必须经过局部切开引流脓液。另外予以敏感的抗生素抗感染治疗，即可好转。如果为反复的扁桃体化脓，则有一定的手术指征，需控制局部感染。在没有咽痛、扁桃体急性化脓期时选择手术治疗。目前的手术治疗相对也较微创，如果有手术指征，建议到专科医院进一步诊治。
