引起肺部感染的病原菌常见细菌、非典型病原体、病毒、真菌。相对而言，肺部真菌感染的治疗最棘手，主要从两个方面分析：

1、往往发生肺部真菌感染的患者都存在基础疾病，引起肺部真菌感染常见的病原菌是曲霉菌、念珠菌和隐球菌，属于条件致病菌，也叫机会性真菌。病原性比较弱，在人体健康或者正常情况下不致病，只有在抵抗力下降的情况下才会致病。易感人群包括肺结核、糖尿病、艾滋病、肿瘤、长期服用糖皮质激素和免疫抑制剂的患者，还有营养不良严重烧伤的患者。由于基础疾病存在，使肺部抗真菌治疗难度明显增加；

2、由于抗真菌药物往往比较贵，副作用相对比较大，疗程比较长，使患者很难坚持下来。

但是，肺部真菌感染并不是一种绝症，很多患者经过积极治疗，病情可以得到控制；肺部真菌的治疗首先要控制患者原发病，提高免疫力，同时通过检查明确真菌的种类和药敏，选择针对性抗真菌治疗，必要的时候采用手术或者介入等手段进行治疗。