肺曲霉菌感染治疗较困难，因为肺曲霉菌属于真菌的一种，真菌在自然中生存力较强，对于药物适应性较强，药物治疗效果起效较慢，所以总体而言肺曲霉菌感染治疗困难。细分肺曲霉菌存在不同情况，包括侵袭性曲霉菌病，侵袭性肺曲霉菌病又有肺的其它侵袭，存在血管侵袭，治疗困难程度较大，需保证足够疗程，选择敏感药物。

除侵袭性曲霉菌病，还有一些曲菌球，曲菌球属于慢性曲霉菌病，药物无法达到足够浓度，采用内科治疗办法无法解决，一般需要外科手术治疗。除上述两种，曲霉菌病还有过敏性曲霉菌病，例如ABPA可以表现为喘息，治疗可以给予抗真菌药物，同时给予激素药物，故过敏性曲霉菌的支气管炎治疗相对较前两种简单。