细菌性心肌炎和病毒性心肌炎的区别是致病微生物种类不同，细菌性心肌炎常见感染病菌为念珠菌、葡萄球菌、白喉杆菌，而病毒性心肌炎一般是腺病毒感染。两者在临床表现上有时不好鉴别，可通过核酸检测病毒或血培养检测是否有细菌或病毒感染，从病原学上加以区分。

两者症状表现部分较典型，而部分较特殊，如暴发性心肌炎通常症状较严重，类似于心肌梗死，可有胸闷、胸痛、大面积细胞坏死，后期可影响心肌收缩功能，患者常有血压下降、神志丧失、神志模糊等。治疗上，细菌性心肌炎通常采用抗感染药物针对细菌感染，包括抗生素。而病毒性心肌炎早期可用抗病毒药物，但最主要的治疗措施是采用抗病毒、休息、营养心肌的治疗。但暴发性心肌炎时治疗较棘手，可采用激素如丙种球蛋白等，帮助患者度过最危险的免疫反应阶段。所以无论是细菌性心肌炎，还是病毒性的心肌炎，需根据具体临床状况采取合适的治疗方案。