肝吸虫病治疗与肝吸虫感染数量、患者免疫功能状态、感染时间、年龄相关。肝吸虫感染急性期，可使用吡喹酮进行驱虫治疗，3-6个月可以完全治愈，同时需使用其它抗生素类药物治疗并发症，如胆囊炎、胆管炎或胆囊结石等。

肝吸虫感染慢性期治疗时间较长，因为肝吸虫在慢性寄生过程中，对人体肝脏或胆道系统造成不同损害，严重可以出现肝癌或胆道恶性病变。此类患者不仅需要进行驱虫治疗或肝脏保护治疗，同时还可能需要考虑肿瘤因素，进行抗肿瘤治疗。