巨幼细胞性贫血的发病原因主要是由于叶酸或者维生素B12缺乏导致。叶酸与维生素B12都是DNA合成过程中重要的辅酶，它们缺乏时会造成细胞DNA合成的障碍。

维生素B12缺乏的具体病因如下：

1、摄入减少，需要量增加：血液中维生素B12主要是以甲钴胺的形式存在，一般饮食中的供给量已经远远超过需要量，平衡饮食者很少有营养性的摄入不足，因此单纯因为食物中含量不足而导致的缺乏很少见，单纯的摄入不足仅仅是建议长期严格的素食者；摄入不足，需要量增加，常见于妊娠、婴幼儿、溶血性贫血、感染、甲抗、恶性肿瘤等；

2、食物蛋白中维生素B12释放障碍：这是老年人维生素B12缺乏常见的原因，30%-35%有维生素B12储备不足，主要原因与老年人萎缩性胃炎和胃酸缺乏有关；胃切除的患者胃酸分泌减少，幽门螺杆菌感染和因为胃酸缺乏导致小肠细菌过度生长，均可以加重维生素B12缺乏，长期服用较大剂量的H2受体拮抗药和质子泵抑制剂，也能使胃酸分泌减少；

3、内因子缺乏：内因子是由胃壁细胞分泌的一种糖蛋白，萎缩性胃炎、胃大部切除、全胃切除、腐蚀性胃炎、自身免疫性破坏引起胃壁细胞数量减少、胃酸缺乏都可导致内因子缺乏；

4、小肠疾病：小肠疾病引起胰蛋白酶分泌不足，导致R蛋白降解障碍，热带、非热带口炎性腹泻，克罗恩病、小肠淋巴瘤、硬皮病等都可影响小肠功能，导致吸收不良综合征；

5、药物诱发：药物比如二甲双胍、消胆胺、秋水仙、青霉素、氧化亚氮都可以引起B12的缺乏。

叶酸缺乏的病因如下：

1、摄入不足、需要量增加：可见于慢性溶血、骨髓增殖症、恶性肿瘤、甲状腺功能亢进和剥脱性皮炎等，孕妇叶酸缺乏可以增加婴幼儿先天性缺乏发生的危险；

2、酗酒和慢性酒精性肝硬化；

3、肠道吸收不良；

4、药物诱发：比如叶酸对抗药甲氨蝶呤、乙胺嘧啶、甲氧苄啶都是二氢叶酸还原酶的抑制剂，影响四氢叶酸的合成，导致叶酸利用障碍；

5、遗传因素。