肛瘘有微创手术，部分特定手术方式比如LIFT手术属于肛瘘微创手术，肛瘘针应用也应该是微创手术方式。但上述手术方式都是对于特定肛瘘的手术方式，一般针对低位单纯性肛瘘，特别复杂的肛瘘不适用此类方式。但高位复杂性肛瘘，目前还没有比较认可复发率比较低简单手术方式。

尽量减少对组织创伤、保护功能均可属于微创手术，在可行范围之内，尽可能减少切口大小也属于微创范围之内。因此，手术过程中只要考虑到对患者功能、皮肤方面保护，都属于微创范围。

假如肛瘘手术即切除完窦道以后，把窦道做完整皮肤缝合，加快愈合速度，也属于微创手术范围。对于复杂性肛瘘微创手术治疗还在研究中，目前还没有特别好结论能证实其对于高位复杂性肛瘘能做到复发率降低。所以肛瘘治疗中有微创手术，但是微创手术应该有一定适应症，肛瘘治疗目的主要是减少复发，患者不要盲目追寻微创，微创手术不一定对每种病都适用，所以患者应该遵循专业医生的专业意见执行。