小肠镜检查相对而言，比普通胃肠镜检查时间长，因小肠长度大概6m，需要经口、经肛两头进行对接。通常完成经口或者经肛小肠镜检查，需要2-3个小时，但如果涉及到小肠镜下治疗，可能时间较长。但如果此过程进行较顺利或者并无基础腹部疾病，有时较快可在1小时左右时间实现贯通，即经口进行小肠镜检查从回盲部结肠位置肠镜即可贯通，但此种案例相对较少。

通常肠镜需要经口进行检查，肠道的一半即前三组小肠时可进行标记注射，如放置血管夹，再经肛进行第二部分小肠镜检查直至会合位置，完成全小肠对接，而经口和经肛小肠镜可以分开进行。因如果同1天进行时，患者可能麻醉时间较长，导致整个过程可能需要5-6小时完全处在麻醉状态下。