正在睡觉时突然发生呛咳并且憋醒，通常情况与胃食管反流有关。食管与胃之间有生物屏障叫贲门，贲门正常情况下，属于收缩状态，当食道充盈的时候，允许食道的物体，经过收缩的生理功能门，排进胃内，而胃内的东西，很难被逆流传入食道，这是生理的保护功能。

食道下段括约肌功能失衡，贲门松弛，胃内的内容液、内容物、气体，可能通过薄弱贲门的环境，逆流到食道，造成反流性的食管炎，进一步向上传送，到达咽部形成咽炎，甚至误吸进入肺，造成气管炎、支气管炎、肺炎，而发生呛醒的情况。如果出现睡觉时，突然被呛醒，要警惕是否发生胃食管反流。