慢性淋巴细胞性甲状腺炎需要根据甲状腺功能不同，选择不同的治疗方法。慢性淋巴细胞性甲状腺炎又称桥本氏病，患者容易出现甲减。甲减时需要应用甲状腺激素治疗，补充体内甲状腺激素，多数慢性甲状腺炎患者服用优甲乐治疗。部分桥本氏病患者合并甲亢，称为桥本氏病甲亢，此时治疗方法与普通甲亢相同，需要服用赛治、丙硫氧嘧啶等。

轻度桥本氏病甲亢可以观察，无需抗甲状腺药物治疗，也可能间隔一段时间后甲功会恢复正常。极少部分患者在甲亢和甲减之间来回变化，此时需要根据甲状腺功能来选择药物。桥本氏病甲状腺功能正常时，西医治疗一般可以选择硒酵母片，对降低抗体有一定作用，也可以观察不治疗。桥本氏病不论甲状腺功能情况如何，均可以根据中医辨证选用中药治疗。