膝关节在跑步出现疼痛后能否继续跑步需要到专业机构由专业大夫查体后进行判断。跑步后出现膝关节疼痛，大概分为器质性损和功能性损伤两个方面，具体情况如下：

1、功能性损伤：指损伤可以恢复，例如部分患者可能由于跑步过度造成髂胫束摩擦综合征，即跑步膝，可以在一定拉伸和肌肉力量锻炼及对症治疗后完全恢复，此类人群恢复后可以继续跑步。

2、器质性损伤：例如产生了严重半月板撕裂或交叉韧带断裂，还有患者因为先天性发育存在盘状半月板，跑步后造成盘状半月板撕裂，此类损伤都属于器质性损伤。器质性损伤不可逆，一旦诊断因为跑步造成了器质性损伤，则并不适合将跑步当作健身或运动方式，可能需要选择其它对于膝关节损害较小的运动，例如非负重运动，包括游泳、瑜伽等运动。